Voordat sloten binnen het bedrijventerrein Nieuw Reijerwaard worden gedempt, wordt eerst gezocht naar de modderkruiper. Die zetten we over in de waterpartij bij de groene zones. Voor de inrichting van Nieuw Reijerwaard is ontheffing van de Flora- en Faunawet verleend met de voorwaarde dat voor de grote modderkruiper nieuw leefgebied wordt ingericht in de waterpartij van de groene zones.
De grote modderkruiper is beschermd in de Flora- en Faunawet. Bij de ontwikkeling van Nieuw Reijerwaard wordt de populatie van grote modderkruipers in het gebied in kaart gebracht. De vissen leven in de sloten tussen de percelen.
De Gemeenschappelijke Regeling Nieuw Reijerwaard (GRNR) heeft in 2016 van het ministerie van Economische Zaken ontheffing gekregen in het kader van de Flora- en Faunawet voor werkzaamheden in het gebied. De ontheffing geldt voor verstoring van het leefgebied van (onder andere) de modderkruiper. Als de vissen worden aangetroffen, worden deze verplaatst binnen het gebied. Het ministerie concludeerde bij de ontheffing op basis van deze maatregelen dat de instandhouding van de modderkruiper niet in gevaar komt.